C'était une ère paisible pour les champignons de notre monde. Pourquoi a-t-il fallu que cette étrange météorite leur donne conscience?! Les champignons se livrent depuis une guerre sans merci. C'est par le biais de Pax, un champignon mutant, que vous y participerez. A vous donc de montrer votre valeur contre tous ces dangereux champignons toxiques (comme l'amanite pour ne citer que lui) dans cette version wii car 2 versions de Mushroom Men sont prévues: The Spore wars sur wii et Rise of the Fungi sur DS. Alors que sur wii, vous livrerez une bataille sans merci en pleine période de crise, la version DS propose la découverte de la nation champignon ainsi que le pourquoi du comment de sa création, avant la période de guerre qui suivra donc sur wii.
Les 2 jeux sont donc complémentaires, ils sortiront ensemble en octobre 2008.